Η Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Οργάνωσης και Λειτουργίας έχει στόχο το σχεδιασμό, την ανάπτυξη, την υποστήριξη, την υλοποίηση και την εποπτεία όλων των διοικητικών και πληροφοριακών συστημάτων που διαθέτει η Περιφέρεια Κεντρικής Μακεδονίας. Στα πλαίσια των αρμοδιοτήτων της, συντονίζει και παρακολουθεί όλες τις οργανικές μονάδες που υπάγονται σε αυτήν με σκοπό την απρόσκοπτη και διαρκώς βελτιούμενη ποιότητα των παρεχόμενων υπηρεσιών, τόσο στις υπόλοιπες υπηρεσίες της Περιφέρειας Κεντρικής Μακεδονίας, όσο και στους πολίτες. Συνεργάζεται με τα καθ’ ύλην αρμόδια Υπουργεία και τις υπηρεσίες της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την καλύτερη αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς της.

Στη Γενική Διεύθυνση Εσωτερικής Οργάνωσης και Λειτουργίας υπάγονται οι εξής οργανικές μονάδες:

α) Διεύθυνση Ανθρώπινου Δυναμικού και Διαχείρισης Ποιότητας ΠΚΜ, με έδρα τη Θεσσαλονίκη.

β) Διεύθυνση Οικονομικού ΠΚΜ, με έδρα τη Θεσσαλονίκη.

γ) Διεύθυνση Διαφάνειας και Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης ΠΚΜ, με έδρα τη Θεσσαλονίκη.

δ) Γραφείο Γενικής Διεύθυνσης Εσωτερικής Οργάνωσης και Λειτουργίας.