Το κλίμα της περιοχής είναι ηπειρωτικό. Χαρακτηρίζεται από ξηρό και θερμό καλοκαίρι, με υγρό και ψυχρό χειμώνα. Στα μεγάλα υψόμετρα του όρους Κερκίνη, η θερμοκρασία και τα άλλα κλιματικά στοιχεία μεταβάλλονται με το υψόμετρο και εκεί επικρατεί δροσερό καλοκαίρι και δριμύς χειμώνας. Η μέση ετήσια θερμοκρασία είναι 15ο C. Θερμότερος μήνας είναι ο Ιούλιος με μέση θερμοκρασία 26,1ο C ενώ ψυχρότερος ο Ιανουάριος (3,8ο C). Η μέση ετήσια βροχόπτωση είναι περίπου 450 mm (ξηρότερος μήνας είναι ο Σεπτέμβριος με 21 mm βροχής και πιο βροχερός ο Νοέμβριος με 51,9 mm). Η σχετική υγρασία είναι της τάξης του 65%. Στο πεδινό τμήμα της περιοχής, ο μέσος αριθμός ημερών χιονόπτωσης το έτος είναι 4, ενώ το χαλάζι είναι σπάνιο φαινόμενο. Οι επικρατέστεροι άνεμοι στην περιοχή είναι οι νότιοι, ακολουθούν οι δυτικοί και οι ανατολικοί. Η περιοχή της λίμνης, προστατεύεται ικανοποιητικά από την οροσειρά της Κερκίνης από τους βόρειους ανέμους, ενώ ανατολικά στο άνοιγμα των στενών Ρούπελ, υπάρχει το βόρειο δυνατό και ψυχρό ρεύμα του Ρουπελιώτη το οποίο για λίγες ημέρες το χρόνο προσβάλλει και την περιοχή της Κερκίνης.